自來水從水廠出來后，經過漫長的輸水管網以及水塔水箱等設備，接觸的污染（俗稱“二次污染”）物甚多，諸如鐵銹、污垢、塵埃、蟲蟻尸體、有害物質藻類等許多有毒化合物和有害物質，它們以極為復雜的相互作用生成許多有毒的致病物質，特別是目前城市中出現的大量的高層及多層居民住宅樓，屋頂水箱長期無人清掃，存積的污垢日積月累，發霉發臭，有的水箱蓋脫落或破損，箱內長滿了青苔和霉斑，水中飄浮著小蟲及其尸體，以及各種灰塵污物，蟲蟻垃圾、有害物質藻類，甚至有貓鼠鳥雀等動物尸體，污染極為嚴重，直接飲用很不安全。據北京市衛生防疫站的檢測，由于二次供水污染，有15%的自來水超過飲用水標準。